Die Stiftung Pro Appenzell ist Eigentümerin verschiedener Grundstücke. Dazu gehören insbesondere auch neun Alpen im Hinterland. Diese Gebiete werden durch die Stiftung im Sinne des Stiftungszweckes verwaltet und durch Dritte naturnah bewirtschaftet. Die Bewirtschaftung und Pflege der Gebiete soll auf vorbildliche Art und Weise erfolgen. Auf den stiftungseigenen Parzellen führt die Stiftung Pro Appenzell auch immer wieder eigene Projekte durch um Natur und Landschaft gezielt zu fördern.

Für private Liegenschaftsbesitzerinnen und -besitzer besteht die Möglichkeit, ihre Parzellen im Rahmen eines Legats der Stiftung Pro Appenzell zu übertagen. Die Stiftung übernimmt diese Liegenschaften mit dem Versprechen, diese langfristig im Sinne des Stiftungszweckes, der Nachhaltigkeit im Allgemeinen und der Biodiversität im Speziellen zu pflegen und zu erhalten.

Eine weitere Möglichkeit für private Liegenschaftsbesitzerinnen und -besitzer besteht darin, dass die Stiftung über eine Liegenschaftstreuhand (z.B. Dienstbarkeit oder Vertrag) für eine langfristige, nachhaltige Pflege und Bewirtschaftung der Parzelle sorgt.

Mit Projektpartnerschaften versucht die Stiftung Pro Appenzell einen Mehrwert für Natur und Landschaft zu generieren. Die Stiftung nimmt hierbei eine aktive Rolle in der Projektumsetzung wahr. Dazu gehört zum Beispiel die Zusammenarbeit mit dem Regierungsrat von Appenzell Ausserrhoden um die Ziele aus dem Regierungsprogramm 2020-2023 zu erreichen. So liegen 113 ha der insgesamt rund 500 ha Waldreservate auf Parzellen der Stiftung Pro Appenzell.

Die Stiftung Pro Appenzell unterstützt auch innovative Projekte Dritter, welche einen Zusammenhang mit dem Zweck der Stiftung Pro Appenzell aufweisen. Diese Unterstützung kann finanziell, ideell oder auch durch die Vermittlung von spezifischen Kenntnissen erfolgen. Die Stiftung nimmt dabei aber keine aktive Rolle in der Projektleitung ein.