Als verwaltungsunabhängiges Kontrollorgan nach Kantonsverfassung Art. 96 Abs. 4 prüft die Finanzkontrolle, ob der Finanzhaushalt gesetzmässig geführt wird. Als unabhängige und selbständige Behörde für die Finanzaufsicht ist sie in ihrer Tätigkeit nur Verfassung und Gesetz verpflichtet.

Die Finanzkontrolle prüft die Ordnungsmässigkeit in der Buchführung und Rechnungslegung, die Gesetzmässigkeit und die Einhaltung der Grundsätze des Finanzhaushaltes wie Haushaltgleichgewicht, Schuldenbegrenzung, Sparsamkeit, Wirksamkeit und Wirtschaftlichkeit. Sie ist zuständig für die kantonalen Behörden und Gerichte, die kantonale Verwaltung, selbständige Anstalten des Kantons und weiterer Personen und Organisationen, denen die Erfüllung kantonaler Aufgaben übertragen ist.

Sie kann auch Revisionsmandate von öffentlichen Institutionen wahrnehmen. Die Finanzkontrolle verfügt über die Zulassung der eidgenössischen Revisionsaufsichtsbehörde als Revisorin und ist als solche im Handelsregister eingetragen.

Um die Anforderungen an die Qualitätssicherung zu erfüllen, hat sich die Finanzkontrolle einem Qualitätszirkel mit mehreren kantonalen und städtischen Finanzkontrollen angeschlossen. Die Einhaltung der Qualitätsanforderungen wird regelmässig in einem Peer Review durch eine andere Finanzkontrolle überprüft.

Die Finanzkontrolle erstattet dem Kantonsrat jährlich Bericht über ihre Tätigkeit.