Seit der letzten fischereibiologischen Detailstudie der Sitter im Jahr 2010 sind die Fischbestände weiter zurückgegangen. Dies obwohl sich die Wasserqualität verbessert hat. Die Sitterkommission konnte bei den jüngsten fischereilichen Bestandsaufnahmen 2020 bis 2023 noch elf Fischarten sowie Edel- und Steinkrebse nachweisen. Sieben der Fischarten sowie beide Flusskrebse gelten als potenziell gefährdet oder vom Aussterben bedroht.
Das aufgrund des Klimawandels immer wärmere Wasser der Sitter wirkt sich vor allem im Sommer für kälteliebende Fischarten wie Bachforellen und Äschen negativ aus. Für sie sind bereits Wassertemperaturen über 20°C kritisch. Im Unterlauf der Sitter wurden schon Werte über 25°C gemessen. Daher stehen Bachforellen und Äschen zwischen St.Gallen und der Mündung in die Thur unter starkem Druck. Ein eigenständiger Nasenbestand, wie ihn die Sitterkommission 2010 noch marginal oberhalb von Bischofszell nachweisen konnte, ist zwischenzeitlich ganz erloschen. Ausserdem ist das Nahrungsangebot für die Fische knapp, weshalb sie sich insgesamt in einem schlechten Ernährungszustand befinden.
Einzig die Bestände von Bachforelle und Groppe im oberen Sitterabschnitt sowie der Schneider im unteren Abschnitt sind in ihrer Bestandsgrösse typisch für ein solches Gewässer. Der Oberlauf von den Zuflüssen im Alpstein bis St.Gallen wird praktisch nur noch von Bachforellen und Groppen und vereinzelten Schmerlen besiedelt. Im Unterlauf steigt die Artenzahl deutlich an. Die wärmetoleranten Arten Barbe, Schneider und Strömer haben hier zugenommen.
Wasserkraftnutzung setzt Fischbeständen zu
Neben den höheren Wassertemperaturen beeinflusst die Nutzung der Wasserkraft den Lebensraum Sitter. Einige Stauwerke sind weiterhin nicht oder nur eingeschränkt fischgängig. Die Wehre der Waserkraftanlagen vermindern zudem den natürlichen Transport von Geschiebe. Dazu kommt, dass aufgrund früherer Kiesentnahmen im grossen Stil immer noch zu wenig Kies im Fluss ist. Fischarten, die ihren Laich in das von der natürlichen Strömung mitgeführte lockere Kies ablegen, werden dadurch stark eingeschränkt. Die Wasserkraftanlagen verursachen auch regelmässige Schwankungen des Wasserstands (Schwall und Sunk). Dadurch wird die Sittersohle stark verdichtet. Jungfische und Kleinlebewesen stranden zudem häufig auf dem Trockenen und verenden. In den kommenden Jahren müssen die Inhaber ihre Kraftwerksanlagen entsprechend den Bestimmungen im Gewässerschutzgesetz in den Bereichen Fischgängigkeit, Schwall und Sunk und Geschiebetransport sanieren. Die Vorgabe ist, dass durch die Kraftwerke keine wesentliche Beeinträchtigung im Gewässer mehr entsteht.
Die Angelfischerei an der Sitter hat ihre Bedeutung verloren: 1990 betrug der Ertrag 4,2 Tonnen Fisch, 2021 noch 141 kg. Wenn die Fischer heute noch Jungfische einsetzen, dann, um die bedrohten Arten zu stärken oder wieder neu einzusetzen.
Artenvielfalt der Kleinlebewesen eingeschränkt
Neben den Fischen untersuchte die Sitterkommission auch die Lebensgemeinschaften der Kieselalgen und der wirbellosen Kleinlebewesen. Diese spielen in der Nahrungskette für die Fische eine zentrale Rolle. Auch bei ihnen widerspiegeln sich die strukturellen Defizite der Sitter. Die Artenvielfalt ist hauptsächlich aufgrund der Wasserkraftnutzung deutlich eingeschränkt.
Gute Wasserqualität
Die Wasserqualität der Sitter wird durch die Sitterkantone gemeinsam seit 1999 regelmässig überwacht. Belastungen werden hauptsächlich aus der landwirtschaftlichen Düngung und aus der Abwasserreinigung eingetragen. Früher traten ab dem Raum Appenzell oft deutliche stoffliche Belastungen auf. Dank umfangreicher Massnahmen vor allem im Bereich der Abwasserreinigung hat sich die Wasserqualität der Sitter in den letzten Jahrzehnten deutlich verbessert. In der letzten Untersuchungsperiode 2020 bis 2023 konnte die Sitterkommission ihrem Fluss erneut gute Noten für die Wasserqualität ausstellen.
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Die Sitterkommission
Auf ihrer Länge von mehr als 70 Kilometern wird die Sitter streckenweise intensiv und auf unterschiedliche Arten genutzt: Die Sitter dient als Naherholungsgebiet, der Nutzung der Wasserkraft, der Fischerei, der Trinkwassergewinnung, als Vorfluter für gereinigtes Abwasser aus Kläranlagen und der Kiesentnahme.
Die Sitterkommission besteht seit 1986. Sie setzt sich aus Fachleuten der Anrainerkantone zusammen. Hauptaufgabe der Kommission ist es, den Zustand der Sitter zu überwachen und zu beurteilen. Die Sitterkommission prüft regelmässig an zehn Messtellen die Wasserqualität der Sitter. Alle 10 Jahre untersucht sie an 14 Stellen entlang des Flusslaufs die Fischbestände. Weiter ist sie dafür zuständig, Handlungsbedarf zur Erhaltung oder Verbesserung der Gewässerqualität aufzuzeigen, Massnahmen und deren Erfolgskontrolle zu initiieren sowie die Öffentlichkeit über ihre Arbeit zu informieren.
Auf www.diesitter.ch finden sich umfangreiche Informationen rund um die Sitter.