Das Appenzellerland ist reich an kleineren und grösseren natürlichen oder naturnahen Bächen, die die Landschaft gliedern und bereichern. Allerdings haben Abwässer aus den Siedlungsgebieten, die Landwirtschaft oder die Wasserkraftnutzung einen Einfluss auf die Gewässergüte. Um die Qualität dieser Fliessgewässer weiter zu verbessern und allfälligen Handlungsbedarf aufzuzeigen, werden die Bäche dieses Jahr erneut untersucht. 

Die Untersuchungen starten Ende März und erstrecken sich bis Mitte Oktober. Dabei werden Erhebungen der Abflussverhältnisse, des äusseren Erscheinungsbildes (Schaum, Geruch, Verfärbungen etc.), der Gewässerbiologie, der chemisch-physikalischen Kenngrössen sowie der Nährstoffe durchgeführt und bewertet. Ein besonderer Fokus liegt auf der Einhaltung der gewässerschutzrechtlichen Vorgaben sowie der Bewertung möglicher Verbesserungen im Vergleich zu früheren Untersuchungen. Die Untersuchungen wurden gemäss Modul-Stufen-Konzept des Bundes durchgeführt, welches eine schweizweite Vergleichbarkeit der Befunde sicherstellt. 

Zusätzlich werden im Kanton Appenzell Ausserrhoden Ende September bis Anfang Oktober ausgewählte Streckenabschnitte befischt. Diese Untersuchungen dienen der Beurteilung des Fischbestandes und der Naturverlaichung im Gewässer. In Appenzell Innerrhoden werden die Fischbestände jährlich von der Innerrhoder Fischereiverwaltung kontrolliert.

Die Appenzeller Fliessgewässer wurden im Jahr 2019 zum sechsten Mal umfassend überprüft. Anhand der chemischen und biologischen Kenngrössen wurde zumeist eine gute bis sehr gute Gewässerqualität festgestellt. Allerdings erfüllten einige Gewässerabschnitte die gesetzlichen Anforderungen noch nicht vollumfänglich: Dort wurden übermässiges Schaum- oder Schlammvorkommen sowie verdichtete Gewässersohlen festgestellt.