Appenzell Ausserrhoden verfügt über eine Kantonsschule in Trogen. Der Bereich Mittel- und Hochschulen bildet einerseits das Bindeglied zwischen der Schule, dem Departement sowie dem Regierungsrat (z.B. der jährliche Globalkredit mit Leistungsauftrag). Andererseits werden aber auch Projekte initiiert, begleitet und umgesetzt. Zudem sorgt der Bereich für den Zugang zu Bildungsgängen auf Mittelschulstufe bzw. der Berufsmaturiät nach der beruflichen Grundbildung (BM2).

Seit August 2022 führt Appenzell Ausserrhoden am Berufsbildungszentrum Herisau ein eigenes BM2-Angebot in den beiden Ausrichtungen TALS (Technik, Architektur, Life-Sciences) und GESO (Gesundheit und Soziales). Die BM2 kann berufsbegleitend (drei Semester, Start im August) oder Vollzeit (zwei Semester, Start im Februar) absolviert werden. Nähere Angaben zu den Zielen, den Zulassungsbedingungen und der Anmeldung sind hier zu finden.

Im Hochschulbereich ist Appenzell Ausserrhoden Träger der OST – Ostschweizer Fachhochschule. Der Bereich ist involviert bei der Vorbereitung der Trägerkonferenz der OST, welche aus je dem zuständigen Regierungsmitglied der Trägerkantone zusammengesetzt ist. Ausserdem befasst sich der Bereich mit den Beiträgen an alle Universitäten, Fachhochschulen, pädagogischen Hochschulen und höheren Fachschulen, an denen Studierende aus Appenzell Ausserrhoden in Ausbildung sind.