Appenzell Ausserrhoden verfügt über eine Kantonsschule in Trogen. Der Bereich Mittel- und Hochschulen bildet einerseits das Bindeglied zwischen der Schule, dem Departement sowie dem Regierungsrat (z.B. der jährliche Globalkredit mit Leistungsauftrag der Kantonsschule Trogen). Andererseits werden aber auch Projekte initiiert, begleitet und umgesetzt. Zudem sorgt der Bereich für den Zugang zu Bildungsgängen auf Mittelschulstufe bzw. der Berufsmaturiät nach der beruflichen Grundbildung (BM2) die Appenzell Ausserrhoden nicht selber führt.

Im Hochschulbereich ist Appenzell Ausserrhoden Träger der OST – Ostschweizer Fachhochschule, welche am 1. September 2020 den Betrieb aufgenommen hat. Der Bereich ist involviert bei der Vorbereitung der Trägerkonferenz der OST, welche aus je dem zuständigen Regierungsmitglied der Träger zusammengesetzt ist. Ausserdem befasst sich der Bereich mit den Beiträgen an alle Universitäten, Fachhochschulen, pädagogischen Hochschulen und höheren Fachschulen, an denen Studierende aus Appenzell Ausserrhoden in Ausbildung sind.