Die gymnasialen Abschlussprüfungen finden an der Kantonsschule Trogen - vorbehältlich anderer Entscheide des Bundesrates - schriftlich statt. Auf die mündlichen Prüfungen wird verzichtet. Bei den Abschlussprüfungen für den Fachmittelschulausweis und die Fachmaturität, Berufsfeld Pädagogik, findet - vorbehältlich anderer Entscheide durch die Schweizerische Konferenz der Erziehungsdirektoren (EDK) -, eine schriftliche Prüfung statt. Wo keine schriftliche Prüfung vorgesehen ist, wird eine mündliche Prüfung durchgeführt. Die wenigen mündlichen Prüfungen der Fachmittelschule bzw. der Fachmaturität beschränken sich auf zwei Klassen, was eine gute Durchführung ermöglicht, ohne dass der Regelbetrieb gross tangiert wird.

Bei den Anforderungen an die Prüfungen wird auf die spezielle Situation wegen des Fernunterrichts Rücksicht genommen. Damit passt sich die Kantonsschule Trogen pragmatisch der aussergewöhnlichen Situation bezüglich Belastung der Beteiligten an. Die schriftlichen Prüfungen finden Ende Mai statt, zu einem Zeitpunkt, an dem die übrigen Klassen noch nicht an der Schule sind und die Hygiene- und Verhaltensregeln gut eingehalten werden können.

Mit diesem Vorgehen berücksichtigt Appenzell Ausserrhoden den Grundsatz "keine Matura ohne Abschlussprüfung". Im Hinblick auf das künftige Studium an Universitäten und Fachhochschulen ist es entscheidend, die Ausbildung an der Mittelschule mit den entsprechenden Abschlussprüfungen abzuschliessen. Die Absolventinnen und Absolventen haben sich in einer beschränkten Zeit auf grosse Prüfungen in mehreren Fächern vorzubereiten. Eine Abschlussprüfung bedingt eine nochmalige vertiefte Auseinandersetzung mit dem Stoff. Dies ist eine zentrale Voraussetzung für ein späteres Hochschulstudium.