Im Bahnverkehr fehlt ein verbindliches Konzept, das aufzeigt, dass zwischen Zürich und Winterthur genügend attraktive Verbindungen in Richtung Ostschweiz vorgesehen werden. Der Regierungsrat ist nicht bereit, die zögerliche Umsetzung von Verbesserungen in der Ostschweiz zu akzeptieren oder sogar Verschlechterungen hinzunehmen. Der Anschlussknoten in St. Gallen muss gestärkt werden, um die zukünftigen regionalen Angebote aufnehmen zu können. Dazu zählen für den Regierungsrat insbesondere die Linien der Appenzeller Bahnen. Aus seiner Sicht erfüllt die Vorlage «Verkehr '45» diesen Anspruch noch nicht konsequent genug. Er fordert den Bund auf, die Randregionen zu stärken anstatt zu schwächen.

Auch mit dem Teil Nationalstrasse in der Vorlage ist der Regierungsrat nicht zufrieden. Die Ostschweiz muss über die Strasse verlässlich an die übrige Schweiz angebunden bleiben. Die Planung für den dritten Rosenbergtunnel mit dem Zubringer Güterbahnhof in St.Gallen ist wieder aufzunehmen und mit hoher Priorität zu bearbeiten. Dasselbe gilt für die bessere strassenseitige Anbindung der beiden Appenzeller Kantone. Diese darf nicht weiter auf die lange Bank geschoben werden. Zwar ist das Projekt Umfahrung Herisau mit der Entlastung der Quartiere Säge und Wilen im strategischen Entwicklungsprogramm Nationalstrassen STEP aufgeführt, allerdings im Realisierungshorizont 2055. Der Regierungsrat fordert, dass das STEP vor der Botschaft an das Parlament überarbeitet wird und die Umfahrung Herisau in den Realisierungshorizont 2045 vorgezogen wird.