Zu den folgenden Themen liegen Bundesinventare vor. Inventaren kommt keine schützende Wirkung zu. Sie müssen dafür zuerst im Rahmen der kantonalen Instrumente umgesetzt werden. Dies ist im Kanton Appenzell Ausserrhoden mit der Schutzzonenplanung geschehen. Die in den nachfolgenden Bundesinventaren bezeichneten schützenswerten Flächen und Objekte sind damit mit der kantonalen Schutzzonenplanung in Appenzell Ausserrhoden mehrheitlich unter Schutz gestellt:

• Flachmoore
• Hoch- und Übergangsmoore
• Moorlandschaften
• Amphibienlaichgebiete
• Auen
• Landschaften und Naturdenkmäler von nationaler Bedeutung
• Jagdbanngebiete

Tier- und Pflanzenarten, die in der Schweiz besonders selten, in ihrem Bestand gefährdet oder gar vom Aussterben bedroht sind, werden in die "Roten Listen" aufgenommen. Auf diese Tier- und Pflanzenarten ist besonders Rücksicht zu nehmen.

Mit Förderungsprogrammen wird versucht, diese Arten in der Schweiz zu erhalten. In Appenzell Ausserrhoden laufen Förderungsprogramme für die Amphibien und für das Auerhuhn.

Rote Listen der Schweiz