Bei der Querung eines Gewässers mit Werkleitungen darf der Gewässerlauf und dessen Gewässerraum nicht beeinträchtigt werden. Die zukünftige Entwicklung eines Gewässer sowie die Gewährleistung der Zugänglichkeit für wasserbauliche Unterhalts- und Ausbaumassnahmen sind dabei zu beachten. Folglich gelten nicht nur bei offenen, sondern auch bei eingedolten Fliessgewässern wasserbaupolizeiliche Anforderungen an die Leitungsverlegung.

Bauliche Ausführung von Leitungsquerungen
Grundsätzlich sind Gewässer erdverlegt, in ausreichender Tiefe und rechtwinklig zur Gewässerachse zu unterqueren. Die Ausführung hat gemäss SG-Norm Nr. 6504 zu erfolgen (siehe «Dokumente»). Eine oberirdische Leitungsverlegung bei Gewässerquerungen (z. B. aufgehängt an bestehenden Verkehrsbrücken oder mittels Rohrbrücken) wird im Einzelfall geprüft, wobei die einschlägigen hydraulischen und ökologischen Anforderungen für oberirdische Gewässerquerungen zu beachten sind (siehe Querungsbauwerke).

Bewilligungspflicht
Die Erstellung oder Anpassung von Gewässerquerungen mittels Werkleitungen ist baubewilligungspflichtig. Mitunter ist eine wasserbaupolizeiliche Bewilligung erforderlich. Ausnahmen von der wasserbaupolizeilichen Bewilligungspflicht sind in Art. 4b WBauV (bGS 741.11) geregelt.