Die Gewässerschutzkarte wird vom Departement Bau und Volkswirtschaft nach Konsultation der Gemeinden erlassen. Allfällige Änderungsanträge sind in der Regel gestützt auf ein hydrogeologisches Gutachten und im Einvernehmen mit den Betroffenen (z.B. Wasserversorgung) durch die politische Gemeinde einzureichen. Festgestellte Unstimmigkeiten oder Fehlendes sind dem Amt für Umwelt zu melden.

Bei jedem Vorhaben ist zu prüfen, ob die Erschliessung mit Trinkwasser gemäss Gewässerschutzgesetzgebung gewährleistet ist, insbesondere gilt dies für Bauten und Anlagen ausserhalb Bauzonen mit eigener Trinkwasserversorgung. Gegebenenfalls sind die erforderlichen Grundwasserschutzzonen auszuscheiden (vgl. Kapitel Ausscheidung von Grundwasserschutzzonen und -arealen und Vollzug der Schutzzonenbestimmungen).

Bei grundsätzlichen Neuerungen muss die Gewässerschutzkarte generell überarbeitet werden. Die Gemeinden erhalten im Rahmen des Konsultationsverfahrens die Möglichkeit zur Prüfung der Karte. Informationen, die fehlerhaft oder unvollständig sind, sowie fehlende Einträge können so in die Karte aufgenommen werden.

Stimmt die Gewässerschutzkarte in einem Gebiet nicht mehr, wird sie den tatsächlichen Verhältnissen angepasst, sei es aufgrund neuer Erkenntnisse, sei es aufgrund von begründeten Anträgen. Wer eine Änderung der Gewässerschutzkarte beantragt, muss die erforderlichen Grundlagen und Nachweise beibringen.